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Authors
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Abstract(s)
Charactreization of solid tumours is possible throught tissue biopsy. However, it has limitations: (i) it may not provide information on tumor heterogeneity, (ii) it does not allow monitorin of treatment evolution due to the invasiveness of the biopsy, and (iii) in advanced disease, it does not provide information of the metastatic lesions. Liquide biopsy emerged in oncology as an alternative approach that uses tumor genetic information shed into the blood by apoptotic tumor cells. Although liquid biopsy has the potential to overcome the limitations of tissue biopsy, it is still not a reality to all types of cancer patients.
The objective was to develop a stategy to monitor clinical evolution of cancer patientes using liquid biopsy, with Low-Pass Whole Genome Sequencing. Genomic DNA (gDNA) and DNA from cell culture medium were analyzed to optimize a protocol to study chromosomal profiles. The alterations found in the DNA from cell medium reflected the changes in gDNA. The methodology was used in tissue and plasma from patients. We absorved similar patterns between DNA from both samples, detected alterations involved in treatment resistance and validated this technique as a quality control. This study provides a tool that allows treatment monitoring and progression os patients.
A caraterização de tumores sólidos é possível através da biópsia tecidual. Contudo, apresenta limitações: (i) não fornece informação sobre heterogeneidade tumoral, (ii) não permite monitorizar a evolução do tratamento devido à invasividade da biópsia e (iii) em doença avançada não fornece informação sobre lesões metastáticas. A biópsia líquida apareceu na oncologia como uma alternativa que usa informação genética do tumor libertada no sangue pelas células tumorais. Tem potencial para superar a limitação da biópsia tecidual, contudo, ainda não é uma realidade para todos os pacientes. O objetivo centrou-se no desenvolvimento de uma estratégia para monitorizar a evolução clínica de pacientes com cancro do pulmão (NSCLC) utilizando a biópsia líquida, através da técnica Low-Pass Whole Genome Sequencing. Analisou-se DNA genómico (gDNA) e DNA circulante de meio de cultura celular para otimizar o protocolo do estudo do perfil cromossómico. Alterações encontradas no DNA do meio refletiram as alterações do gDNA. A metodologia foi aplicada em amostras de tecido e plasma de pacientes. Observou-se padrões coincidentes entre DNA de ambas amostras, detetou-se alterações envolvidas em resistência a tratamentos e validou-se a técnica como controlo de qualidade. Este trabalho contribui com uma ferramenta que permite monitorizar o tratamento e progressão dos pacientes com NSCLC. õe
A caraterização de tumores sólidos é possível através da biópsia tecidual. Contudo, apresenta limitações: (i) não fornece informação sobre heterogeneidade tumoral, (ii) não permite monitorizar a evolução do tratamento devido à invasividade da biópsia e (iii) em doença avançada não fornece informação sobre lesões metastáticas. A biópsia líquida apareceu na oncologia como uma alternativa que usa informação genética do tumor libertada no sangue pelas células tumorais. Tem potencial para superar a limitação da biópsia tecidual, contudo, ainda não é uma realidade para todos os pacientes. O objetivo centrou-se no desenvolvimento de uma estratégia para monitorizar a evolução clínica de pacientes com cancro do pulmão (NSCLC) utilizando a biópsia líquida, através da técnica Low-Pass Whole Genome Sequencing. Analisou-se DNA genómico (gDNA) e DNA circulante de meio de cultura celular para otimizar o protocolo do estudo do perfil cromossómico. Alterações encontradas no DNA do meio refletiram as alterações do gDNA. A metodologia foi aplicada em amostras de tecido e plasma de pacientes. Observou-se padrões coincidentes entre DNA de ambas amostras, detetou-se alterações envolvidas em resistência a tratamentos e validou-se a técnica como controlo de qualidade. Este trabalho contribui com uma ferramenta que permite monitorizar o tratamento e progressão dos pacientes com NSCLC. õe
Description
Keywords
Lung cancer Liquid Biopsy Low-Pass Whole Genome Sequencing Chormosomic Alterations