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Authors
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Abstract(s)
Sequence data, representing full genomes, exomes, or transcriptomes, is increasingly important in biomedical research and practice. However, the ongoing shortfall of bioinformaticians since the 1990s poses a major challenge. Consequently, easy-to-use bioinformatics applications tailored for researchers without an informatics background are essential. In the software context, Linux container technologies, particularly Docker, offer a solution due to their many advantages. Docker images provide ready-to-use software packages with all
necessary dependencies installed, making deployment easy on any operating system with Docker. This eliminates the often difficult and sometimes impossible task of installing software dependencies. Docker images are immutable, enhancing reproducibility, and facilitate the development of complex pipelines, standalone applications with GUIs, and databases. These features help address the reproducibility crisis in bioinformatics analyses. Pegi3s (Phenotypic Evolution Group) is responsible for maintaining the Bioinformatics
Docker Images Project, a growing collection with over 100 Docker images of software typically used in the fields of genomics, transcriptomics, proteomics, phylogenetics, sequence manipulation, among others
During the development of this project, a new virtual machine was developed with a newer version of Ubuntu relative to the previously used virtual machine. Due to some software updates, it became necessary the development of a software that allowed the user to manage his images (Docker Manager). All images from the pegi3s were reviewed and a standardized set of Test Data was created for most of them. With this Test Data, it was obtained the results for the execution of most programs. With the obtained information, “DocNRun pegi3s” was created, a software that allows the user to run Docker images without using the Command Line. Currently, both Docker Manager and DocNRun exist in the pegi3s repositories available for anyone to pull.
Os dados de sequência, que representam genomas completos, exomas ou transcriptomas, são cada vez mais importantes na investigação e prática biomédica. No entanto, a contínua falta de bioinformáticos desde a década de 1990 representa um grande desafio. Consequentemente, aplicações de bioinformática fáceis de usar, adaptadas a investigadores sem formação em informática, são essenciais. No contexto do software, as tecnologias de contentores Linux, particularmente o Docker, oferecem uma solução devido às suas numerosas vantagens. As imagens Docker fornecem pacotes de software prontos a usar, com todas as dependências necessárias instaladas, facilitando a implementação em qualquer sistema operativo que tenha o Docker instalado. Isto elimina a tarefa muitas vezes difícil e, por vezes, impossível de instalar dependências de software. As imagens Docker são imutáveis, aumentando a replicabilidade, e facilitam o desenvolvimento de pipelines complexos, aplicações autónomas com interfaces gráficas e bases de dados. Estas características ajudam a resolver a crise de replicabilidade nas análises bioinformáticas. O Pegi3s (Phenotypic Evolution Group) é responsável por manter o Projeto de Imagens Docker de Bioinformática, uma coleção crescente com mais de 100 imagens Docker de softwares tipicamente usados nos campos de genética, transcriptómica, proteómica, filogenética, manipulação de sequências, entre outros. Durante o desenvolvimento deste projeto, foi criada uma nova máquina virtual com uma versão mais recente do Ubuntu, em relação à máquina virtual anteriormente utilizada. Devido a algumas atualizações de software, tornou-se necessário desenvolver um software que permitisse ao utilizador gerir as suas próprias imagens Docker (Docker Manager). Todas as imagens do pegi3s foram revistas e foi criado um conjunto padronizado de Dados de Teste para a maioria delas. Com estes Dados de Teste, foram obtidos os resultados da execução da maioria dos programas. Com a informação obtida, foi criado o “DocNRun pegi3s”, um software que permite ao utilizador executar imagens Docker sem utilizar a Linha de Comando. Atualmente, tanto o Docker Manager como o DocNRun estão nos repositórios do pegi3s disponíveis para qualquer pessoa descarregar.
Os dados de sequência, que representam genomas completos, exomas ou transcriptomas, são cada vez mais importantes na investigação e prática biomédica. No entanto, a contínua falta de bioinformáticos desde a década de 1990 representa um grande desafio. Consequentemente, aplicações de bioinformática fáceis de usar, adaptadas a investigadores sem formação em informática, são essenciais. No contexto do software, as tecnologias de contentores Linux, particularmente o Docker, oferecem uma solução devido às suas numerosas vantagens. As imagens Docker fornecem pacotes de software prontos a usar, com todas as dependências necessárias instaladas, facilitando a implementação em qualquer sistema operativo que tenha o Docker instalado. Isto elimina a tarefa muitas vezes difícil e, por vezes, impossível de instalar dependências de software. As imagens Docker são imutáveis, aumentando a replicabilidade, e facilitam o desenvolvimento de pipelines complexos, aplicações autónomas com interfaces gráficas e bases de dados. Estas características ajudam a resolver a crise de replicabilidade nas análises bioinformáticas. O Pegi3s (Phenotypic Evolution Group) é responsável por manter o Projeto de Imagens Docker de Bioinformática, uma coleção crescente com mais de 100 imagens Docker de softwares tipicamente usados nos campos de genética, transcriptómica, proteómica, filogenética, manipulação de sequências, entre outros. Durante o desenvolvimento deste projeto, foi criada uma nova máquina virtual com uma versão mais recente do Ubuntu, em relação à máquina virtual anteriormente utilizada. Devido a algumas atualizações de software, tornou-se necessário desenvolver um software que permitisse ao utilizador gerir as suas próprias imagens Docker (Docker Manager). Todas as imagens do pegi3s foram revistas e foi criado um conjunto padronizado de Dados de Teste para a maioria delas. Com estes Dados de Teste, foram obtidos os resultados da execução da maioria dos programas. Com a informação obtida, foi criado o “DocNRun pegi3s”, um software que permite ao utilizador executar imagens Docker sem utilizar a Linha de Comando. Atualmente, tanto o Docker Manager como o DocNRun estão nos repositórios do pegi3s disponíveis para qualquer pessoa descarregar.
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Keywords
pegi3s Docker GUI Replicability Replicabilidade