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- Sistema de rastreamento de alvos multi-sensor para veículos Wing-in-GroundPublication . FERNANDES, JOSÉ CARLOS PINTO; Dias, André Miguel PinheiroWing-In-Ground-effect (WIG) craft are specialized vehicles that leverage the groundeffect phenomenon - characterized by increased lift and reduced drag when flying close to a surface such as water. This effect enables Wing-In-Ground-effect (WIG) vehicles to achieve higher speeds and carry greater payloads with lower fuel consumption compared to conventional aircraft. However, the exploitation of groundeffect presents significant operational challenges: traditional pilots are not typically trained to maintain sustained flight in this regime, and the near-surface environment contains numerous dynamic and static obstacles. These complexities require the development of a robust autonomous navigation and obstacle avoidance system tailored for WIG applications. This work presents a multi-sensor multi-target perception system for autonomous WIG vehicles. The system integrates multiple sensor modalities to exploit their complementary strengths and minimize individual limitations. It is capable of estimating the position, velocity, and acceleration (depending on the motion model applied) of a target with a Kalman filter. The targets are tracked individually, each with an independent estimator, in which sensor measurements are associated with the Joint Probabilistic Data Association Filter to guarantee accurate target association even in cluttered environments. The resulting system provides reliable environmental awareness and forms a necessary component of an autonomous control framework for WIG craft.
- Nova biblioteca Biopython para suporte da área da Biologia MolecularPublication . Nogueira, Patrícia Maria Fernandes; Sá, Vítor Júlio da Silva eO Biopython é uma biblioteca que facilita o desenvolvimento de aplicações para bioinformática, utilizando a linguagem de programação Python. É mantida por uma associação internacional de programadores, a Open Bioinformatics Foundation, que oferece ferramentas para a análise de sequências biológicas e acesso a bases de dados online, como o NCBI. A biblioteca conta com módulos para alinhamento de sequências, estruturas de proteínas, genética de populações, entre outros. Objectivo: Sendo uma biblioteca de código aberto e contando com a colaboração de vários programadores, o objetivo do projeto centrou-se na criação de uma nova biblioteca que incorporou algumas ferramentas bioinformáticas que podem ser usadas individualmente ou em conjunto para obter informação acerca de uma sequência genética mistério. Assim, conseguiu-se que um único módulo fizesse referência a múltiplos serviços, obtivesse resultados e gerasse um relatório final para uma sequência pesquisada. Foi feito um estudo para perceber que ferramentas fariam sentido incorporar no projeto de forma a recolher informação sobre uma sequência genética. Foram então consideradas as seguintes ferramentas: ExPASy Translate Tool para fazer a tradução de uma sequência genética na sua proteína, Blast Tool para analisar a similaridade entre a proteína e uma sequência de referência, UniProt que através do Id retornado pela ferramenta anterior permite obter toda a informação sobre a proteína e variantes possíveis e patologias associadas, e por fim o DrugBank para pesquisar que fármacos podem ser relevantes para as patologias anteriores. Após a escolha de ferramentas, foi feita uma análise da biblioteca Biopython para perceber o que poderia oferecer já desenvolvido para cada uma destas ferramentas. Foi encontrado um módulo para o Blast, mas estava já descontinuado e foi substituído pelo ElasticBlast baseado na cloud, que acelera as pesquisas, mas com custos associados. UniProt, ExPASy e DrugBank não tinham ainda os serviços necessários e foram feitos de raiz. Como resultado deste projeto, foram adicionadas novas funcionalidades à biblioteca Biopython. Para apresentar os resultados de forma user-friendly, foram desenvolvidas aplicações web e desktop. Sendo o Biopython uma biblioteca open source, será possível a incorporação de novas funcionalidades que podem ser úteis e gratuitas para escolas, laboratórios, investigação e programadores que as queiram usar e também melhorar.
- ViruScopeDB: a comprehensive multi-omics software and database for highly infectious virusesPublication . Lima, Ana Sofia Fafiães Pires de; Carneiro, João; Sousa, Sérgio; Sá, VítorHighly infectious viruses, such as HIV, Ebolavirus, and SARS-CoV-2 have presented ongoing challenges to global health, leaving devastating consequences in their wake. These disruptions were not limited to the health field, as their profound economic and societal impact has been, and will continue to be, felt for decades. Effective surveillance and rapid diagnostics remain crucial to controlling their spread, yet current approaches to oligonucleotide data curation are fragmented, virus-specific, and generally highly dependent on manual approaches. To address these limitations, this thesis presents ViruScope, an automated bioinformatics tool for multi-omics data mining, in silico primer generation, validation, and scoring, together with ViruScopeDB, a centralized and continuously updated cross-viral database built on the results of the tool. The methodology integrates large-scale genomic data retrieval and alignment, literature-based extraction of experimentally validated primers (AROLit v.3), in silico primer generation and filtering (iSOP v.3), and a novel scoring framework, encompassing GC content, melting temperature, cross-species conservation, and a way to rank primers by how likely they are to not form undesirable secondary structures (No-Fold%). These modules, previously designed for specific viruses, were re-engineered into a scalable, optimized and generalized pipeline, deployed as both a command-line program and a user-friendly Shiny application, and compiled into ViruScopeDB as an openly accessible repository. Case studies conducted on Ebola datasets demonstrated the tool’s capacity to retrieve, validate, and score primers from both literature and computational approaches, producing results consistent with experimental best practices while enabling more nuanced ranking of primer candidates. Filtering by conservation scores and No-Fold% - the final and ViruScope-exclusive parameters - revealed gene and region-specific differences in conservation and stability, reinforcing the advantage in automated and scalable approaches for diagnostic tool design. By unifying data retrieval, primer design, and validation into a reproducible, automated workflow, ViruScope and ViruScopeDB provide a novel, scalable, and FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) solution to some of the challenges of molecular diagnostics. This work demonstrates the potential of computational pipelines to accelerate diagnostic assay development, improve cross-viral surveillance, and strengthen global preparedness for both ongoing and potential emerging viral threats.
- Exposição ocupacional a microplásticos em ambientes industriais: Uma revisão sistemática da literaturaPublication . Carvalho, Camila Ferreira Cafezeiro de; Silva, Manuela Vieira daA exposição ocupacional a microplásticos (MPs) em ambientes industriais constitui uma preocupaçãp emergente para a saúde e segurança no trabalho. Este estudo realizou uma revisão sistemática da literatura, seguindo os critérios PRISMA e PICOS, com o objetivo de identificar setores de maior exposição, tipos de MPs envolvidos, tarefas críticas associadas e potenciais efeitos para a saúde dos trabalhadores. Foram selecionados 11 artigos publicados nos últimos dez anos, com maior concentração de publicações a partir de 2023, o que demonstra o carácter incipiente, mas em expansão, da investigação neste campo. Os resultados evidenciaram que setores como a indústria de plásticos e reciclagem concentram os maiores riscos, com destaque para atividade de trituração, extrusão e processamento de fibras. As partículas identificadas variaram entre fibras e fragmentos de polímeros como polietileno (PE), polipropileno (PP) e poliéster (PES), frequentemente associadas a sintomas respiratórios em trabalhadores. A análise revelou ainda limitações metodológicas, como a ausência de padronização de técnicas de amostragem e a inexistência de limites ocupacionais específicos. Concluiu-se que, embora a literatura ainda seja escassa, a tendência de crescimento recente aponta para a necessidade de investigações mais robustas, capazes de subsidiar políticas públicas e estratégias de prevenção voltadas à proteção da saúde dos trabalhadores expostos.
- Algoritmo para seleção das plataformas de NGS para a oncologia clínicaPublication . Ribeiro, Angélica Cristina Neto; Cirnes, Luís; Silva, Regina Augusta Alves Pereira daCom os avanços das tecnologias de sequenciação de nova geração, surgiram plataformas cujas características influenciam a aplicação clínica em oncologia. Até ao momento, não existia nenhum algoritmo capaz de identificar as aplicações clínicas mais adequadas para cada plataforma, tanto em targeted sequencing como em sequenciação do exoma completo. O principal objetivo deste estudo exploratório foi desenvolver um algoritmo que apoie essa seleção. Realizou-se uma pesquisa bibliográfica nas bases PubMed, Web of Science e Scopus, abrangendo artigos originais publicados entre 2019 e 2025. Foram analisados 239 artigos, permitindo determinar parâmetros de desempenho, como profundidade de cobertura, tipo e quantidade de amostra, comprimento de leitura, Phred quality score, limite de deteção, custo por amostra, tempo de resposta, e a capacidade de detetar diferentes variantes genéticas. Observou-se que as plataformas short-read representam mais de 90% dos estudos clínicos, com elevada profundidade de cobertura. A sequenciação do exoma completo foi aplicada em situações especificas, enquanto o targeted sequencing predominou no diagnóstico clínico. As plataformas long-read destacaram-se na deteção de regiões complexas, com utilização clínica limitada. Os resultados permitiram desenvolver um algoritmo que orienta a seleção da plataforma mais adequada para cada contexto clínico, promovendo uma aplicação mais eficiente das plataformas de sequenciação.
- Expansão da Patologia Digital em Angola: Planeamento para a implementação da Patologia Digital no Centro de Medicina Laboratorial MacrolabPublication . Kimaku, Wini Sofia; Malhão, Fernanda; Silva, ReginaA Patologia Digital (PD) utiliza imagens digitais de preparações histológicas para o diagnóstico clínico, integrando digitalizadores avançados aos sistemas de informação laboratoriais do KiK. Essa tecnologia permite digitalizar com alta resolução, automatizar processos e reduzir erros, tornando o trabalho no laboratório mais ágil. Este relatório teve como objetivos: sugerir com base na literatura, um planeamento operacional para o processo de implementação da Patologia Digital e transformação digital no Centro de Medicina Laboratorial Macrolab – laboratório de Anatomia Patológica em Angola, identificando as necessidades do laboratório de acordo com as principais diretivas das entidades reguladoras e analisando os principais desafios associados ao processo de implementação no fluxo de trabalho. Para isso, foi realizada uma pesquisa bibliográfica e aplicado um questionário ao Macrolab para avaliação das necessidades e da infraestrutura presentes. Com base na informação fornecida, foram descritas e elaboradas recomendações a serem implementadas para a PD e transição digital, assim como foi elaborado um esquema para alteração do fluxo de trabalho. As mudanças sugeridas ao longo do projeto visam otimizar o fluxo de trabalho e acelerar o diagnóstico anatomopatológico, melhorando a qualidade dos resultados. A adoção da PD pode posicionar a Macrolab como referência nacional na incorporação de tecnologias inovadoras em saúde, fortalecendo a capacidade diagnóstica e contribuindo para a modernização da medicina laboratorial em Angola.
- Imunocitoquímica em amostras de líquido cefalorraquidiano: avaliação da qualidade e contributo diagnósticoPublication . Tente, Joana Oliveira Pires; Roque, Rúben; Fernandes, SílviaO diagnóstico de patologias do sistema nervoso central, sobretudo em casos de suspeita de disseminação leptomeníngea, pode requerer a análise do líquido cefalorraquidiano. Embora a citologia apresente limitações em amostras hipocelulares, a imunocitoquímica surge como ferramenta complementar, permitindo a deteção de biomarcadores específicos e a identificação de metástases. Este estudo avaliou o desempenho, o contributo diagnóstico e a qualidade técnica da imunocitoquímica em 257 amostras de líquido cefalorraquidiano, entre 2020 e 2023. A qualidade foi aferida por critérios estruturados, o desempenho analisado por sensibilidade, especificidade e concordância global e o contributo classificado em quatro categorias distintas. A imunocitoquímica apresentou elevada especificidade (99,5%) e boa sensibilidade (86,8%). Contribuiu diretamente para o diagnóstico em 86,0% dos casos, ajudou em 6,6%, não contribuiu em 4,7% e foi discordante em 2,7%. O processamento por citocentrifugação revelou sensibilidade de 84,8% e especificidade de 99,5%, enquanto a preservação em polietilenoglicol atingiu 100,0% de sensibilidade, embora com menor especificidade (97,0%). A qualidade técnica global foi elevada (22,8 em 27 pontos), destacando-se a marcação específica e a intensidade de imunomarcação como parâmetros mais consistentes. Estes resultados, aliados à dimensão da amostra, reforçam a importância da imunocitoquímica como técnica complementar, essencial no diagnóstico citopatológico em amostras de líquido cefalorraquidiano.
- Segurança química na indústria automóvel: Resposta face ao risco de derrames em fábricas de espumasPublication . Ramos, Diogo Lagoeiro; Silva, Manuela Vieira daA utilização de produtos químicos é uma realidade muito presente numa indústria de espumas para o setor automóvel, onde algumas substâncias representam riscos significativos para a saúde dos trabalhadores, e para o ambiente. A relevância deste estudo resulta do facto de a unidade fabril em análise apresentar limitações estruturais que aumentam a probabilidade da ocorrência de acidentes, simultaneamente, a inexistência de um plano de resposta coordenado que permita possuir ferramentas de prevenção e de atuação ajustados à sua realidade. O presente estudo tem como objetivo principal a análise das principais etapas de um processo fabril associado ao fabrico de espumas para o ramo automóvel, num contexto de potenciais riscos de derrame a ocorrer na sala de formulações, assim como, a caracterização da resposta face ao derrame. Para tal, procedeu-se ao levantamento e caracterização das matérias-primas utilizadas, a análise do histórico de acidentes e a avaliação dos recursos disponíveis para contenção de derrames. Paralelamente, desenvolveu-se um caso simulado de derrame químico, que permitiu conceber um fluxograma de resposta destinado a apoiar a tomada de decisão dos colaboradores em situações de emergência. Os resultados obtidos demonstram algumas fragilidades e oportunidades de melhoria, nomeadamente a necessidade de reforçar a capacidade das bacias de retenção da sala de formulações e a criação de uma bacia no cais de receção, a melhoria da distribuição dos kits e carrinhos de contenção nos percursos críticos e a necessidade de rever os caminhos de evacuação e pontos de encontro. Foram ainda propostas medidas de reforço, como a fragmentação funcional da sala de formulações, a melhoria dos procedimentos logísticos e a integração de ferramentas pedagógicas, incluindo quizzes de verificação de conhecimento no início do turno. Conclui-se que o estudo contribui para o reforço da cultura de segurança da organização, ao propor soluções práticas e adaptadas à sua realidade, com vista à redução do risco de acidentes e à promoção de um ambiente de trabalho mais seguro.