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Título: Shannon, rényie and tsallis entropy analysis of DNA using phase plane
Autor: Costa, António Cardoso
Machado, J. A. Tenreiro
Quelhas, Dulce
Palavras-chave: DNA
Chromosome
Entropy
Phase plane
Data: 2011
Editora: Elsevier
Relatório da Série N.º: Nonlinear Analysis: Real World Applications; Vol. 12, Issue 6
Resumo: This paper analyzes DNA information using entropy and phase plane concepts. First, the DNA code is converted into a numerical format by means of histograms that capture DNA sequence length ranging from one up to ten bases. This strategy measures dynamical evolutions from 4 up to 410 signal states. The resulting histograms are analyzed using three distinct entropy formulations namely the Shannon, Rényie and Tsallis definitions. Charts of entropy versus sequence length are applied to a set of twenty four species, characterizing 486 chromosomes. The information is synthesized and visualized by adapting phase plane concepts leading to a categorical representation of chromosomes and species.
Peer review: yes
URI: http://hdl.handle.net/10400.22/1453
ISSN: 1468-1218
Versão do Editor: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1468121811001088
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